SCIC đã áp dụng chế độ kế toán dành riêng cho Tổng công ty, 500 triệu đô la thu được từ bán vốn tại Vinamilk không được ghi nhận doanh thu và lợi nhuận năm 2016. 
Báo cáo tài chính hợp nhất kiểm toán 2016 của SCIC – Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn Nhà nước cho biết năm 2016 doanh thu của tổ chức này đạt 10.530 tỷ đồng, thấp hơn 108 tỷ đồng so với kết quả thực hiện năm 2015. Lợi nhuận sau thuế của SCIC đạt 7.426 tỷ đồng, giảm hơn 200 tỷ đồng so với năm 2015.

Đáng chú ý, phần doanh thu của SCIC thậm chí còn thấp hơn giá trị thương vụ thoái một phần vốn của tổ chức này tại Vinamilk hồi cuối năm ngoái (gần 11.300 tỷ đồng - tương đương 500 triệu đô la Mỹ).

39,2 triệu cổ phiếu VNM của Vinamilk đã được trao tay trong phiên đấu giá được mong đợi nhất năm 2016. Với mức giá bình quân 144.000 đồng/cổ phiếu, SCIC đã thu về gần 11.300 tỷ đồng từ 2 tổ chức Singapore. 

Thương vụ thoái vốn của SCIC cuối năm ngoái đã không được SCIC ghi nhận vào kết quả kinh doanh trong năm 2016 của Tổng công ty.

Thuyết minh báo cáo tài chính của SCIC cho biết năm 2016 Tổng công ty tiếp tục áp dụng chế độ kế toán của Bộ tài chính dành riêng cho Tổng công ty là Quyết định số 45/2008/QĐ-BTC – ban hành từ 27.06.2008. Quyết định này được Bộ Tài chính chấp thuận cho SCIC áp dụng cho năm tài chính 2016. Trong khi các Thông tư như Thông tư 200/2014/TT-BTC, Thông tư 53/2016/TT-BTC là các hướng dẫn về chế độ kế toán mới hơn, lại chưa được SCIC áp dụng.

Theo quyết định này, chỉ khi nào SCIC bán các khoản đầu tư bằng nguồn vốn của Tổng công ty mới được ghi nhận doanh thu và lợi nhuận. Là một tổ chức đại diện vốn Nhà nước, các khoản đầu tư dạng này của SCIC vô cùng hiếm hoi. Tính đến cuối năm 2016, SCIC chỉ có 1 công ty con cùng 7 công ty liên kết được xếp danh mục đầu tư bằng nguồn vốn của Tổng công ty. Vinamilk không thuộc nhóm đó.

Vinamilk  hay hàng loạt các doanh nghiệp SCIC đang nắm giữ cổ phần chính là các khoản đầu tư nhận chuyển giao từ các Bộ, địa phương tại thời điểm cổ phần hóa.

Quyết định số 45 quy định, với các khoản đầu tư như Vinamilk, khi thoái vốn, nếu có chênh lệch nhờ bán vốn (vẫn gọi là lãi hoặc lỗ) – sẽ được ghi tăng hoặc giảm nguồn vốn kinh doanh thay vì ghi trực tiếp vào doanh thu và lợi nhuận.

Với trường hợp Vinamilk, SCIC đã thu về gần 11.300 tỷ đồng, lãi ước khoảng 800 tỷ đồng. Rất tiếc, thương vụ này đã không được SCIC ghi nhận vào doanh thu và lợi nhuận, cho dù tỷ lệ sở hữu của SCIC sau khi thoái một phần vốn chỉ còn 39,33%.

Cuối tháng 5.2017, SCIC có văn bản báo cáo tình hình thực hiện kế hoạch kinh doanh từ năm 2013 – 2016. Báo cáo cho biết năm 2016, SCIC đạt 22.034 tỷ đồng doanh thu và 18.971 tỷ đồng lợi nhuận. Sau kiểm toán, kết quả kinh doanh của Tổng công ty đã giảm đi quá nửa. Hiện SCIC vẫn chưa có giải trình chính thức về chênh lệch kết quả kinh doanh trước và sau kiểm toán. Tuy nhiên, không khó để dự đoán những chênh lệch này chủ yếu đến từ cách hạch toán doanh thu và lợi nhuận các khoản thoái vốn. Trong đó, thương vụ của Vinamilk là một điển hình.